دانشگاه آزاد اسلامی واحد زاهدان در ۲۱ آذر ماه ۱۳۶۱ فعالیت علمی خود را با ظرفیت ۹۰ دانشجو، در رشته کاردانی عمران، ریاضی و ماشین آلات کشاورزی در ساختمان استیجاری کوچکی آغاز کرد و توسعه روز افزون آن نشان داد که این منطقه مرزی تا چه حد نیازمند چنین اقدامی بوده است و گامی موثر در توسعه و اعتلای اجتماعی- فرهنگی و سیاسی جنوب شرق کشور برداشته است.

این واحد دانشگاهی با درجه جامع یک ستاره، تعداد ۷۸۶۱ دانشجو، تعداد ۶ دانشکده و تعداد ۱۲۲ رشته تحصیلی در مقاطع کاردانی‌پیوسته و ناپیوسته، کارشناسی پیوسته و ناپیوسته، کارشناسی ارشد، پزشکی (دکترای حرفه‌ای) و دکترای تخصصی در خدمت جوانان و داوطلبان مشتاق به تحصیل در استان است.

دانشگاه آزاد اسلامی واحد زاهدان به عنوان دانشگاه مرکز و رئیس این واحد دانشگاهی به عنوان دبیر هیات امنای استان، مسئولیت مدیریت دیگر واحدها و مراکز دانشگاهی را بر عهده دارد.

دبیر هیات امنا و رئیس دانشگاه آزاد اسلامی استان

به استناد بند ۲ ماده ۱ مصوبه ۷۲۱ مورخ ۹۱/۸/۲ شورای عالی انقلاب فرهنگی رئیس بزرگترین واحد مرکز استان بعنوان دبیر هیأت امناء و رئیس دانشگاه آزاد اسلامی استان، علاوه بر مسئولیت دبیری هیأت امناء استان و مدیریت دبیرخانه هیأت امناء استان، وظایف هماهنگی واحدهای استان و شوراهای استانی برابر نمودار تشکیلاتی پیوست این بخشنامه و حل مشکلات و تنظیم مناسبات واحدها و مراکز آموزشی استان را در چارچوب مقررات دانشگاه و شرح وظایف پیوست عهده دار می باشد.بر این اساس رئیس بزرگترین واحد دانشگاهی مرکز استان بصورت استانی در سه حوزه:

الف : عملکرد حاصل از انجام وظایف واحد دانشگاهی مرکز استان

ب : عملکرد حاصل از انجام وظایف دبیری هیأت امناء استان

ج : عملکرد حاصل از انجام وظایف هماهنگی استان

مسئولیت دارد و عملکرد ایشان بر همین اساس ارزیابی خواهد شد و حکم انتصاب قطعی به عنوان رئیس بزرگترین واحد مرکز استان پس از احراز شرایط و تایید شورای عالی انقلاب فرهنگی توسط رئیس دانشگاه آزاداسلامی صادر می شود.

دبیر هیات امنای استان

به منظور پیگیری و اجرای امور استانی هیأت امناء استان، دبیرخانه هیأت امناء استان زیر نظر دبیر هیأت امناء استان حداکثر با ۴ نیروی انسانی با پست سازمانی کارشناس و ۲ پست متصدی (حسب پراکندگی و تعداد واحدها و مراکز آموزشی استان که تعداد آن قابل کاهش است) ، پس از تائید ساختار توسط معاونت برنامه ریزی دانشگاه، با مسئولیترئیس دبیرخانه هیأتامناء استان در بزرگترین واحد مرکز استان تشکیل می شود